Si me preguntarais cuál es el formato perfecto para una unidad extraíble, tendría que pensarme mi respuesta y terminaría formulando yo otra: ¿Perfecto para qué? Seguramente me responderíais que para almacenar datos, pero yo me refiero a en qué ordenadores se va a usar ese pendrive. El problema es que existe Mac, Windows y Linux y no todos pueden leer o escribir en todos los formatos. Lo que sí que hay son dos formatos universales: FAT y exFAT.
Entonces, ¿cuál es mi recomendación? Yo la tengo clara, pero antes tenemos que explicar un poco por encima qué es cada uno de los formatos. Si vamos a usar un pendrive en cualquier ordenador independientemente de su sistema operativo, no tendría sentido formatear la unidad con un formato no compatible con alguno de ellos. A continuación os explicaremos para qué se usa cada formato.
Tipos de formato
NTFS

El formato NTFS (New Technology File System) fue creado por Microsoft en 1993 para su sistema operativo. Sin entrar a detallar demasiado, tenemos que tener en cuenta que Mac OS X puede leer, pero no escribir, sobre una unidad formateada en NTFS. Sin instalar herramientas de terceros, ni siquiera podremos formatear un pendrive en NTFS desde un Mac y, si queremos usarlo en nuestro ordenador sin tener que instalar software que no es necesario (como explicaremos más adelante), lo mejor es no formatear nuestros pendrives en NTFS.
Si preferís usar el formato NTFS, tenéis que saber que hay herramientas de terceros que dotan a OS X de la capacidad de leer y escribir en NTFS, como son Paragon NTFS o Tuxera NTFS. Pero, insisto, no merece la pena si tenemos en cuenta que hay formatos más universales.
EL NTFS va bien para discos duros de ordenadores que usen Windows como sistema operativo.
Mac OS X Plus
Para resumir, podríamos decir que Mac OS X Plus es lo mismo que el NTFS, pero en este caso todo pensado para el sistema operativo de escritorio de Apple. Si tenemos un pendrive que vamos a usar también en Windows, no merece la pena formatearlo en Mac OS X Plus por que no será capaz de acceder a sus datos. Mejor usar una de las dos siguientes opciones.
Mac OS X Plus debe usarse sólo en discos duros en los que se vaya a instalar OS X.
FAT

Creada su primera versión en 1980 y la última (FAT32) en 1995, se podría decir que FAT (File Allocation Table) es el sistema de archivos más universal. Se puede usar incluso en dispositivos como consolas, móviles, etc., pero tiene un gran problema si sólo lo queremos usar en equipos de escritorio: el máximo que admite el FAT32 son 4GB. Si, por ejemplo, tenemos un vídeo de 5GB y un pendrive formateado en FAT, tendremos dos opciones: o dividir el archivo en dos partes o dejarlo donde estaba porque no podremos meterlo en nuestro Pendrive.
Como he dicho anteriormente, FAT, FAT16 y FAT32 sólo debería usarse en unidades extraíbles que queramos usar, por ejemplo, en una Sony PSP o memorias para cámaras de fotos.
exFAT

Por último tenemos el formato exFAT (Extended File Allocation Table), la evolución del FAT32. También fue creado por Microsoft y es compatible desde Snow Leopard en adelante y desde XP en adelante, pero hay diferencias importantes con respecto a la versión anterior, como el tamaño máximo del archivo que en exFAT es de 16EiB. Sin duda, esta es la mejor opción si queremos usar un pendrive en ordenadores Windows, Mac y Linux, aunque en el último no se puede formatear sin instalar software.
Usaremos exFAT para formatear cualquier disco duro externo o pendrive que queramos usar en sobre todo en Mac y Windows. Si tenemos que usarlo en dispositivos como las mencionadas consolas o cámaras de fotos, no usaremos este formato.
ExFAT o NTFS
Si dudas entre ExFAT o NTFS, en base a lo que acabamos de ver, lo más lógico es formatear un pendrive o unidad de memoria externa en formato ExFAT ya que es la opción que mejor compatibilidad nos asegura, compatible con todos los sistemas operativos de la actualidad.
Cómo formatear pendrive en exFAT
Los que nunca hayáis oído hablar de este formato, no temáis. Formatear un disco duro, externo o pendrive USB en Mac es muy sencillo y el proceso no cambia demasiado si lo que queremos es formatearlo en exFAT. Pero, para evitar confusiones, paso a detallar los pasos:

- Tenemos que abrir la Utilidad de discos. Hay tres maneras diferentes de acceder a ella: desde el Launchpad, que es lo que tenéis en las capturas, entrando a la carpeta Aplicaciones/Otros/Utilidad de discos o, mi favorita, desde el Spotlight, a lo que yo accedo presionando al mismo tiempo los botones CTRL+Barra espaciadora.

- Una vez en la utilidad de discos, veremos una imagen como la de la captura. Hacemos clic sobre nuestra unidad. No hay que hacer clic en lo que hay dentro de la unidad. Esa es la partición única que hay, por lo que aparecerán más si tenemos más particiones. Como lo que queremos es formatearlo todo, seleccionamos la raíz.
- A continuación, hacemos clic en Borrar, lo que es el equivalente a formatear en Windows.
- Desplegamos el menú y elegimos exFAT.
- Por último, hacemos clic en «Borrar».
Yo hace tiempo que ya no formateo nada en NTFS. ExFAT es el formato de todos mis discos externos y ahora ya podéis hacer vosotros lo mismo.