Wprowadzenie Apple Watch Series 1 i 2 stanowiło ważną zmianę w autonomii tych urządzeń, przechodząc z jednego dnia do dwóch, które zaoferowała nam seria 2, o ile nie intensywnie korzystaliśmy z GPS i żadnej aktywności fizycznej. Ale wraz z uruchomieniem Serii 3, a konkretnie modelu z połączeniem LTE, autonomia została ponownie zredukowana do tego, co zaoferował nam oryginalny zegarek Apple: 18 godzin. Jednak model bez połączenia danych nadal oferuje nam dwa dni autonomii, podobnie jak jego poprzednik, seria 2, model, który został wycofany z rynku.
Ale te 18 godzin można znacznie skrócić, jeśli korzystamy z GPS i połączeń telefonicznych. Według Apple dzięki autonomii serii 3 możemy: sprawdź 90 razy czy mamy jakieś powiadomienia, korzystaj z aplikacji przez 45 minut, wykonuj ćwiczenia przez 30 minut słuchając muzyki. Pozwala nam również na wykonywanie połączeń przez godzinę z samego urządzenia lub trzy godziny, jeśli robimy to przez naszego iPhone'a. Chociaż Apple tego nie określił, zakłada się, że układ LTE w Apple Watch automatycznie rozłączy się po połączeniu z iPhonem, aby wydłużyć żywotność baterii i nie odbierać powiadomień i połączeń na obu urządzeniach.
Seria 3 pozwala nam wykonywać sesje ćwiczeń przez 10 godzin. Ale jeśli zaczniemy biegać z włączonym GPS, autonomia jest ograniczona do 4 godzin. Czas ładowania 80% baterii Apple Watch Series 3 to półtorej godziny przy użyciu oryginalnej ładowarki, ale jeśli chcemy, aby była pełna, będziemy musieli poczekać dwie godziny. Model z łączem LTE nie jest obecnie dostępny do rezerwacji w Hiszpanii, co może wskazywać, że sami operatorzy muszą zaoferować użytkownikowi rozwiązanie łącznościowe. W Stanach Zjednoczonych operatorzy oferują dodatkowy pakiet danych dla konkretnego modelu w cenie 10 USD miesięcznie.