Si has probado APFS en la beta pública con Fusion Drive, tendrás que volver al formato HFS+

En pocos días tendremos la versión definitiva de macOS High Sierra. Como hemos comentado en varias ocasiones, esto ocurrirá el próximo día 25. Pero con la versión Golden Master, es decir, la versión definitiva a no ser que Apple cambie algo de última hora, se ha detectado una incompatibilidad que se venía comentando semanas atrás. El sistema Fusion Drive, no permite trabajar con ficheros APFS. En cambio, durante las betas, esto si que ha resultado posible. No obstante, la propia Apple en un comunicado, se ha encargado de aclararlo. Pero no es necesario deshacer todo y empezar de cero. Apple te explica como: 

Las versiones beta de macOS High Sierra han cambiado el formato de disco de los sistemas, convirtiéndolos para utilizar el nuevo sistema de archivos de Apple. La versión inicial de MacOS High Sierra soportará el nuevo formato de sistema de archivos de Apple, que se establecerá como el sistema de arranque predeterminado en sistemas Mac con almacenamiento Flash 100%. Si instaló una versión beta de MacOS High Sierra, es posible que la unidad Fusion de su Mac se haya convertido al formato de sistema de archivos de Apple. Dado que esta configuración no es compatible con la versión original de MacOS High Sierra, le recomendamos que siga los pasos que se indican a continuación para volver al formato de disco anterior.

En el siguiente enlace, Apple te explica paso a paso como volver al sistema HFS+ desde APFS. En resumen.

1. Realiza una copia de seguridad con Time Machine.
2. Descarga la última versión de macOS High Sierra desde Mac App Store.
3. Crea un ejecutable con el sistema operativo y la ayuda de Terminal. (no es difícil si sigues los pasos)
4. Una vez se está instalando, selecciona Utilidad de disco, desde las utilidades de macOS.
5. Selecciona Mostrar todos los dispositivos.
6. Selecciona el disco donde está instalado tu sistema operativo.
7. Haz click en borrar y cambia el formato a MacOS Extended (Journaled). Ponle un nombre diferente para no confundirte.
8. Sal de utilidades de disco.
9. Elige Reinstalar macOS y selecciona el volumen creado en el punto 7
10. Por último, cuando te pregunte si deseas migrar datos, elige la copia de seguridad creada en el punto 1

Ahora tendrás tu Fusión Drive, 100 % operativo para macOS High Sierra.